Różnica tkwi w specjalizacji. Moduł magazynowy w ERP oferuje podstawową ewidencję stanów, przyjęcia i wydania. System WMS koncentruje się wyłącznie na operacjach magazynowych i dostarcza zaawansowane narzędzia: optymalizację ścieżek kompletacji, zarządzanie lokalizacjami, obsługę jednostek logistycznych, pracę mobilną w czasie rzeczywistym oraz szczegółowe raportowanie wydajności. WMS to narzędzie dla magazynu, ERP – dla całej firmy.