Dla operatora 3PL najważniejsze funkcje WMS to obsługa wielu klientów w jednym systemie z logiczną separacją danych, integracje z platformami e-commerce i systemami ERP zleceniodawców, elastyczne reguły kompletacji i pakowania oraz automatyzacja generowania etykiet kurierskich. Istotna jest też obsługa zwrotów z przypisaniem towaru do właściwego zleceniodawcy.
