Koszty zależą od zakresu. Identyfikacja oparta na kodach kreskowych to wydatek rzędu kilku tysięcy złotych (skanery, etykiety). System WMS z integracjami kosztuje od kilkunastu do kilkudziesięciu tysięcy złotych. Fizyczna automatyzacja – przenośniki, sortery, roboty – to już inny rząd wielkości, silnie uzależniony od skali magazynu.