Inwentaryzacja częściowa polega na zliczaniu towarów w określonych częściach magazynu, takich jak konkretne półki, grupy towarowe, czy numery seryjne, co umożliwia prowadzenie inwentaryzacji bez zamykania całego magazynu. Proces ten jest bardziej elastyczny, pozwalając na kontrolę wybranych obszarów magazynu według potrzeb. Z kolei inwentaryzacja całościowa obejmuje zliczanie wszystkich towarów w całym magazynie i zazwyczaj wymaga wstrzymania pracy magazynu na czas jej trwania. Jest to kompleksowa metoda, która daje pełny obraz stanu magazynowego, ale może być bardziej czasochłonna i zakłócająca codzienną działalność.