Całkowity koszt wdrożenia WMS w małej firmie (magazyn do 1000 m², 3–8 pracowników) wynosi zazwyczaj od 40 do 120 tys. zł w pierwszym roku. Na tę kwotę składa się licencja lub subskrypcja, usługi wdrożeniowe, podstawowy sprzęt oraz szkolenia. W modelu subskrypcyjnym próg wejścia jest niższy, ale trzeba uwzględnić stałe opłaty miesięczne rzędu 1,5–4 tys. zł w kolejnych latach.
