Oprogramowanie dla magazynu WMS to produkt, którego cena zależy od wymagań klienta. System oparty o standaryzację procesów będzie kosztował mniej, niż oprogramowanie dostosowane do konkretnych, kastomizowanych procesów w przedsiębiorstwie. Oznacza to, że wtedy cena za program magazynowy dla firmy produkcyjnej czy innego przedsiębiorstwa jest ustalana indywidualnie. Wpływają na nią m.in.: w sposób licencjonowania (‘on premise’ – zakup jednorazowy lub abonament przedłużony cyklicznie), liczba licencji, potrzeba integracji z pozostałymi systemami informatycznymi funkcjonującymi w firmie oraz czy potrzebny jest też dodatkowy sprzęt np. terminale mobilne lub czytniki kodów kreskowych.
