Koszty utrzymania, jeżeli chodzi o program WMS, są różne. Zależy to od
sposobu licencjonowania wdrożonego oprogramowania (on premise – jednorazowy zakup licencji lub abonament – opłata cykliczna), standaryzacji wdrożonych procesów lub ich indywidualnego dostosowania i dodatkowych funkcji, jakie zostały wdrożone.