Automatyzacja magazynu polega na zastępowaniu ręcznych czynności – identyfikacji towaru, kompletacji zamówień, generowania dokumentów – narzędziami informatycznymi, które wykonują te zadania szybciej i z mniejszą liczbą błędów. Obejmuje zarówno wdrożenie kodów kreskowych i systemu WMS, jak i fizyczną automatyzację z użyciem przenośników czy robotów.