System WMS wspiera inwentaryzację na kilku poziomach. Minimalizuje rozbieżności przez bieżące rejestrowanie wszystkich operacji magazynowych. Umożliwia prowadzenie inwentaryzacji ciągłej – codziennego weryfikowania wybranych lokalizacji bez wstrzymywania pracy magazynu. Generuje listy kontrolne i pozwala rejestrować wyniki liczenia na terminalu mobilnym. W przypadku wykrycia różnic udostępnia historię operacji na danym artykule, co ułatwia identyfikację przyczyny.